多瑙河沿巴伐利亚高原的北部边缘自西向东流，经阿尔卑斯山脉北坡和捷克高原之间的丘陵地达维也纳盆地。这是一段典型的山地河流，河谷窄而深，河床坡度大而且多浅滩和急流。上游支流很多，但干流的水文状况主要取决于来自阿尔卑斯山脉的几条较大的支流，例如累赫河、伊扎尔河、因河等，它们都以冰川融水为主要补给来源，因此高水位发生在春末和夏季。中游河谷宽广，河床坡度不大，河道弯曲，常出现河汊。有许多发源于阿尔卑斯山脉和喀尔巴阡山脉的支流在这一河段汇入多瑙河，例如，德拉瓦河、萨瓦河、蒂萨河等。与上游一样，多瑙河的基本水量仍来自右岸各支流。水文状况与这里的气候及上游水文状况有关。春季，由于积雪融化，水位达到最高，高水位一直延续到夏季；夏末秋初由于蒸发强烈，河水明显下降；秋季，由于蒸发减弱和雨水补给，水位再次上升；冬季，多瑙河也会封冻，但时间不长，而且也不是每年都封冻。铁门以下是多瑙河的下游，河谷很宽，接近河口时宽度可扩展到15至20公里，有的地方达28公里。下游河道没有中游那样弯曲，但河汊很多，在入海前形成一个长80公里，总面积达3500平方公里的三角洲。三角洲上河汊纵横，其中基利亚河、苏利纳河、格奥尔基也夫河三条汊河最为重要，其中苏利纳河可以通航。
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